Mâverâünnehr’de âlim ve velîleri ile meşfıûr bir Türk-İslâm şehri. İlk defa İranlı Siyâvuş bin Melik Üstûrî Keykâvus tarafından kuruldu. Babasına kızan Ziyâvuş, Türk sultânı Efrasyâb’a sığındı. Ondan izzet ve ikram gördü. Efrasyâb, onu kızlarından biri ile evlendirip, bugünkü Buhara şehrinin bulunduğu yeri ona verdi. Siyâvuş, burada Buhara şehrini kurdu. Oraya uğrayan avcıların yerleşmesi ile de şehrin nüfûsu arttı. Daha sonra Efrasyâb ile arası açılan Siyâvuş, onun tarafından öldürüldü. Şehrin bundan sonraki târihi, müslümanların fethettiği zamana kadar bilinmemektedir.
İslâm orduları, ilk defa hazret-i Muâvîye devrinde Ubeydullah bin Ziyâd komutasında Buhara önlerine geldi. Bu sırada Buhârâ’yı ölen hükümdarın hanımı idare ediyordu. İslâm mücâhidleri ile Buhârâlılar arasında uzun süren muharebeler oldu. Buhârâlılar’ın yenilmesi üzerine, müslümanların lehine sulh yapıldı. Şehrin halkı, o zamanlar putperest olduğundan, müslümanlara kolay kolay boyun eğmedi. İslâm ordularının gelmesiyle onlarla muharebe eden Buhârâlılar, yenilince İslâmiyet’i kabul ettiklerini bildirdikleri hâlde, mücâhidlerin ayrılması ile tekrar eski dinlerine dönüyorlardı. Şehir daha sonra Kuteybe bin Müslim tarafında başka bir rivayette de Sa’îd bin Osman bin Affân tarafından fethedilmiştir.
Kuteybe bin Müslim, Buhârâ’yı fethettikten sonra, İslâmiyet’in yayılması için geceli gündüzlü çalıştı. Buhârâ’nın bir çok yerine mescidler yaptı. 712 senesinde kale içinde bulunan puthânenin yerine büyük bir cami yaptırdı.
İslâmiyet’ten önce şehrin emirlerine Buhara emîri mânâsına gelen Buhâr-ı Huda denirdi. Fethedildikten sonra, Buhârâ’da Merv şehrinde ikâmet eden Horasan emîrine bağlı bir âmil bulunduruldu. 874 senesine kadar Buhârâ’yı Tâhirîlere bağlı bir âmil idare etti. Tâhiroğullarının yıkılması ile ahâli ve ulemâdan bir hey’et, Semerkand’a hâkim olan Sâmânî hükümdarı Nasır bin Ahmed’e giderek bağlılıklarını bildirdiler. Bunun üzerine, o da kardeşi İsmail’i Buhârâ’ya vali tâyin etti. Nasır bin Ahmed’in ölümünden sonra tahta geçen İsmail, Buhârâ’yı saltanat merkezi yaptı.
999 senesinde Karahanlıların Buhârâ’yı ele geçirip, Sâmânî Devleti’ne son vermelerinden sonra, şehir eski siyâsî önemini kaybetti. Karahanlılar döneminde, Buhârâ’yı valiler yönetti. İslâm ordularının Buhârâ’yı feth etmesinden sonra, ilk defa 1141 senesinde, müslüman olmayan Karahitaylar tarafından ele geçirildi ve 1207 senesine kadar onların hâkimiyetinde kaldı. Harezmşah sultânı Alâeddîn Muhammed’in Karahitaylar Devleti’ne son vermesi ile de Harezmşah idaresi altına girdi. Harezmşahlar döneminde, Buhara mâmur hâle getirildi. Şehrin çeşitli yerlerine medreseler, kütüphaneler ve camiler yapıldı.
Cengiz 1220 senesinde şehri kuşattı. Üç gün süreyle yaptığı şiddetli taarruzlar neticesinde, kaleyi almak mümkün olmadı. Bu sırada kale savunmasını lüzumsuz sayan vali ve bâzı komutanlar, hücûma karar verdiler. Muhasaranın üçüncü günü ani bir taarruzla Moğol çemberini yarıp çıktılar. Fakat, Ceyhun nehri kıyısına varmadan arkalarından yetişen Moğol süvarileri tarafından imha edildiler. Ertesi gün sahra, güneş ışıkları altında kan ile dolmuş büyük bir gölü andırıyordu. Bu durumu öğrenen Buhara ahâlisi, aman dilemek üzere, Cengiz Hân’a Kadı Bedrüddîn’i elçi gönderdi. Yapılan görüşmeler sonucunda halka dokunulmayacağı vadıyle, Moğol ordusu 1220 senesi Şubat ayının on birinde Buhârâ’ya girdi. Bir kısım Türkmenler, teslim olmayı kabul etmeyerek iç kaleye çekildiler.
Cengiz, şehrin yağmalanmasını ve ateşe verilmesini emretti. Binaların çoğu ahşap olduğu için, bir kaç gün içinde şehrin büyük bir kısmı yandı. İç kaleye çekilen Türkmenler, şehri kahramanca savundular. Her saldırılarında Moğollara büyük kayıplar verdiriyorlardı. Kum tanesi gibi kalabalık olan Moğol sürüsü karşısında, iç kale fazla dayanamadı. Kale düştü ve içindekilerin ekserîsi şehîd edildiler. Bu savunmada Türkmenlerden otuz bine yakın asker, Moğollar tarafından öldürüldü; hanımları ve çocuktan da esir edildi.
Cengiz Hân, oğlu Tuli ile şehre girdiği zaman, ihtişamına hayran kaldığı Ulu Câmi’ye atı ile girdi. Alimlere çeşitli hakaretlerde bulundu. İçki sofrası hazırlatıp esir kadınları raksetmeye zorladı. Bu sırada, Kur’ân-ı kerîmlerin ve büyük İslâm âlimlerinin yazdığı değerli kitapların muhafaza edildiği dolaplar ve sandıklar, Moğol askerlerince yağmalandı. Kur’ân-ı kerîmler ayaklar altına alındı. Bir kısmı parçalanarak yakıldı. O sırada camide bulunan âlimler, içleri kan ağlayarak bu durumu seyrediyorlar ve gadab-ı ilâhiyyeye uğradıklarına inanıyorlardı. Cengiz, daha da ileri gitti ve ilme olan düşmanlığının nişanesi olarak oradaki bütün âlimleri öldürttü. Anbarlarda bulunan zahîrelere el koydu. Şehirde ve hisardaki kadınlar ve ihtiyarlar dâhil herkesin, üzerlerindeki elbiseden başka bir şey götürmemek üzere Namazgah sahrasına çıkartılmasını istedi. Erkekler, Semerkand muhasarasında kullanılmak üzere orduya alındı. Kadınlar askerlere dağıtıldı ve şehir baştan başa yağmalandı.
Bir zamanlar yalnız Mâverâünnehr’in değil, bütün İslâm âleminin en meşhûr ilim ve kültür merkezlerinden olan âlim ve evliya yatağı Buhara, yanıp yıkılmış, kale ve surları yerle bir edilmiş, halkı darmadağın olmuş ve bir enkaz yığını hâline gelmişti. Bu hâdiseleri, Horasan’a kaçan bir Buhârâlı kısaca; “Moğollar yıktılar, yaktılar, öldürdüler ve gittiler” diyerek veciz bir şekilde dile getirmiştir.
Cengiz’in yerine geçen ögeday, Buhârâ’yı tekrar mâmur hâle getirdi. 1238 senesinde Buhara halkı Moğollara karşı isyan ettilerse de, isyan kısa sürede bastırıldı. Moğolların egemenliği altında Buhârâ’nın nasıl idare edildiği ve durumu hakkında kaynaklar yeterince bilgi vermemektedir. Şehir; 1283 de İran Moğolları, 1276 yılında da Çağataylar tarafından ele geçirilerek yağmalandı. Buhara hiç bir zaman böyle üst üste felâkete uğramamıştı. Şehirde yedi sene canlı varlık bulunmadı. 1283 senesinde Emir Kayd ve Mes’ûd Bey, Buhara’yı îmâr ederek, başka beldelerden getirdikleri halkı yerleştirdiler. 1316 senesinde, Çağatay prensi Yasavur tekrar Buhârâ’ya saldırarak şehri yağmala di. Halkın büyük Kısmını alıp götürdü ve zorla Ceyhun bölgesine yerleştirdi.
Çağatay hanedanı ve daha sonra Tîmûr ve Tîmûroğulları devrinde Buhara, Mâverâünnehr’in siyâsî hayâtında mühim bir mevkîyesâhib olmamıştır. Özbekler, 1500 senesinde Buhârâ’yı ele geçirdiler, özbeklerden Muhammed Şey bek, Şeybânîler hanedanına Buhara’yı payitaht yaptı. Buhara, Şeybânîlerden Ubeydullah bin Mahmûd ile Abdullah bin İskender Hân zamanında, siyâsî ve manevî hayâtın merkezi durumuna geldi. (Bkz. Şeybânîler). Şehir bu durumunu bölgede kurulan Astırhanlar (Estarhanlar) ve Nangıthanlar döneminde de devam ettirdi.
Astırhanlar hanlıkları, Ruslar tarafından işgal edilince, reislerinden Yâr Muhammed ile oğlu Can, Buhârâ’ya sığındılar. İskender’in kızı ile evli olan Çan’ın oğlu Baki Muhammed, on altıncı yüzyılın sonlarında Canoğulları sülâlesini kurdu. Abdülazîz devri, Buhara Hanlığının son parlak devri oldu. Daha sonraları zayıflayan Buhara Hanlığı, 1740 yılında Nâdir Şah tarafından yıkıldı. Nâdir Şâh’ın ölümünden sonra Canoğullarının yerine Mangithanlar sülâlesi geçti. 1860’tan sonra Ruslar, Türkistan içlerine doğru ilerlediler. Onların bu hareketini engellemeye çalışan Emir Muzaffereddîn, 1868 de Zirebulak’ta mağlûb oldu. Ruslar, İngiliz rekabetinin de te’siri ile Buhara Hanlığını yarı bağımsız bir hâle getirdiler. Bölgenin verimli topraklarını sömürmek için, demiryolu kenarlarına Rus köyleri kurarak çoğunluğu sağlamaya çalıştılar. 1910-1920 yılları arasında emîrlik yapan Mîr Alîm Hân zamanında da Rus baskısı devam etti. Ruslar 1917 Komünist ihtilâli ile harekete geçen emire karşı 1918 yılında savaş açtılar. Bir çok Türk aydını öldürüldü. Buhara ve çevresi Ruslar tarafından işgal edilince, Mîr Alîm Hân 1920 yılında Afganistan’a sığındı. İnsanlar, kadın-erkek, ihtiyâr-çocuk demeden kızıl kurşunlara hedef oldular. Cami ve mescidler kapatılıp, din adamları kurşuna dizildi. Buhara bir defa daha harabe hâline geldi. Afganistan’a geçen Mîr Alîm Hân, orada öldü. 1979’da, kızılordu Afganistan’ı işgal edince, Mîr Alîm Hân’ın oğlu ve yakınları Pakistan’a geçti. Daha sonra Türkiye’ye getirilerek Gaziantep’de yerleştirildi.
Mâmur olduğu devirlerde belli başlı ilim merkezlerinden biri olan Buhârâ’da yetişen binlerce âlimden bâzıları şunlardır: İmâm-ı Buhârî, Hakîm Tirmizî, Muhammed bin Selâm el-Bîkendî, Abdullah bin Muhammed el-Müsnedî, Muhammed bin Yûsuf el-Bîkendî, İbrahim bin el-Eş’as, İmâm-ı Muhammed Şeybânî, Yûsuf-i Hemedânî, Abdülhâlık-ı Goncdüvânî, Şâh-ı Nakşibend Behâeddîn Muhammed bin Muhammed Buhârî, Seyyid Emîr Külâl, Mahmûd Buhârî.
Buhara, verimli ve bereketli bir araziye sahipti. Ticarî faaliyetler çok gelişmişti. Müslümanlar Buhârâ’yı fethettikten sonra, pek çok cami, medrese ve kütüphane gibi mîmârî eserler yaptılar. Yuvarlak tuğla payeler üzerine sivri kemerli ve kubbeli bir yapı olan ve zamanımıza kadar ulaşan Hazer Degaron Camii, Karahanlılar tarafından yaptırılmıştır. Her Kubbenin etrafı tonozlarla çevrili olan cami, 1121 senesinde yapılmıştır. Küli Hâtûn ve Hakîm Tirmizî türbeleri de zamanımıza kadar ulaşan eski eserler arasında olmakla birlikte, bakımsızlıktan yıkılmağa yüz tutmuşlardır.
Ayrıca Uluğ Bey tarafından yaptın lan Uluğ Bey Medresesi, on beşinci asır mimarîsinin güzel bir örneğidir. 1536 senesinde yapılan Mîr Arab Medresesi ile 1652 senesinde yapılan Abdülazîz Hân Medresesi, on altıncı asır mimarîsini çok güzel temsil eder. Buhârâ’da son medrese, 1807 senesinde Niyazi Kul tarafından yaptırılan Dört Kuleli Medrese’dir.
Rusya’da komünist rejim iktidarı ele geçirdikten sonra, yönetimi altında bulunan Mâverâünnehr’de bir çok ibâdet yerlerini yıktılar. Yalnız Buhara vilâyetinde 360 cami ve mescid yıktırıldı. Uluğ Bey Medresesi’ni bıraktılar ki, o da din aleyhtarlığı için müze olarak kullanılmaktadır. Buhara kütüphanelerinde bulunan binlerce Kur’ân-ı kerîm ve hadîs kitapları başta olmak üzere, bütün dînî eserleri toplayıp, yakan komünistler, sokaklarda yırtarak ayaklar altında çiğnediler. Halkın evlerinde bulunan dînî, millî ve târihî kitaplara varıncaya kadar toplayıp imha ettiler. Kitapları teslim etmek istemiyen binlerce müslümanı da hunharca şehîd ettiler.